Como encontrar o complemento reverso de uma sequência de dna

O complemento reverso de uma sequência de DNA significa o conteúdo da vertente oposta em uma molécula de DNA. Moléculas de DNA são construídas como tal porque cada nucleotídeo tem um nucleotídeo complementar na outra vertente para a qual existe uma ligação não covalente.

Passos

Método 1 de 2:
À mão
  1. Imagem intitulada 7115146 1
1. Traçar através da sequência para trás, a partir do último nucleotídeo na sequência.
  • Imagem intitulada 7115146 2
    2. Como você passa por cima de cada nucleotídeo, adicione seu nucleotídeo complementar à próxima linha, iniciando a cadeia complementada do lado esquerdo da página. Lembre-se, guanina (g) ligações a citosina (c) e adenina (a) ligações à timina (t).
    • Método 2 de 2:
    Programaticamente (Python 2)
    1. Imagem intitulada 7115146 3
    1. Crie ou aceite um arquivo de entrada. Este artigo pressupõe que a entrada está em FASTA Formato, com uma única sequência por arquivo. As etapas a seguir também assumem que todos os nucleotídeos são bases ATGC.
  • Imagem intitulada 7115146 4
    2. Leia no arquivo. Para Fasta Format:
  • Descarte a primeira linha do arquivo.


  • Remova todas as novas linhas restantes e outros espaços em branco à direita.
    • Def init (sequência): com Abrir (ARGV [1]) como entrada: Sequence = "".juntar ([linha.Strip () para linha na entrada.Readlines () [1:]]) Seqüência de retorno
  • Imagem intitulada 7115146 5
    3. Criar uma tabela de hash que mapeça cada nucleotídeo ao seu complemento.
    complemento = {`A`: `T`, `C`: `G`, `G`: `C`, `T`: `A`}
  • Imagem intitulada 7115146 6
    4. Iterar através da sequência e usar uma pesquisa de tabela de hash para construir a sequência complementar. Inverter o vetor resultante.
    def reverse_complement (SEQ): bases = [complemento [base] para base nas bases SEQ] = Bases de retorno invertidas (bases)
  • Imagem intitulada 7115146 7
    5. Imprima o conteúdo do vetor.=
    Resultado = Reverse_Complement (SEQ) Imprimir ``.Junte-se (resultado)

    • Pontas

    Se você está calculando o complemento inverso manualmente, certifique-se de verificar novamente! Pode ser fácil perder um par de base ou usar o complemento errado, especialmente se você estiver lendo uma longa seqüência no papel.
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