Como desenhar um dipéptido em um ph específico

Este guia fornecerá uma introdução às definições, aminoácidos básicos e um exemplo de como desenhar um dipéptido. Um dipéptido consiste em dois resíduos de aminoácidos, enquanto os polipéptidos consistem em mais de dois. Essas estruturas são importantes porque ajudam a compensar proteínas no corpo e também têm papéis em mecanismos de reação. Ao desenhar os grupos de backbone e funcional, serão dadas medidas detalhadas para aprender como alterar esses grupos com base em um pH específico, uma escala para medir a acidez ou a basicidade de uma solução. Sabendo como a estrutura ficará sob certas condições, isso dará aos alunos uma melhor compreensão de como são usados ​​em reações. Este poder também ajudar a desenhar peptídeos, consistindo de mais de dois aminoácidos.

Passos

Parte 1 de 3:
Definições de aprendizagem e as estruturas básicas.
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1. Conheça as definições básicas. Um dipéptido é um composto orgânico que consiste em dois aminoácidos. Tem dois componentes, um backbone e grupos funcionais anexados.
  • 2. Aprenda os 20 aminoácidos básicos. Os 20 aminoácidos podem ser encontrados através de uma pesquisa na Internet. Aprenda suas estruturas, suas abreviações de três letras e seus grupos funcionais que serão posteriormente usados ​​para substituir o "R" Na estrutura básica.
    • Parte 2 de 3:
    Desenhando o dipéptido básico
    1. Desenhe um único aminoácido. Cada amino começa com uma extremidade de amina (NH3 +) e uma extremidade carbonila (coo-). Começando com a extremidade da amina, escreva "NH3+" e de lá, desenhe uma linha para a direita, criando um ponto chamado C1 para representar o carbono 1. Então de C1, desenhe uma linha para baixo e para a direita para criar outro ponto chamado C2. Por fim, do C2 desenhar uma linha para a direita e no final da linha escrever "O-". Na C1 desenhar uma linha para cima e escrever "R" Para representar um grupo funcional que mais tarde será substituído. Na C2, desenhe duas linhas para baixo e escreva "O". Isso conclui um desenho de um único aminoácido.
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    2. Conecte dois aminoácidos. Para criar um dipéptido, os aminoácidos únicos devem ser conectados. Comece o desenho novamente como indicado na etapa anterior, mas no C2, desenhe a linha para a direita e escreva "Nh" no final em vez de "O". De lá, desenhe uma linha para baixo e para a direita para criar um ponto chamado C3. No C3, uma linha será elaborada para a direita para criar um ponto chamado C4. Por fim, uma linha será atraída para a direita e no final da linha escrever "O-". No C3, desenhe uma linha para baixo e escreva "R" , que mais tarde será substituído por um grupo funcional. No C4, desenhe duas linhas para cima e escreva "O" no fim. Isso conclui um desenho de um dipéptido básico.
    • Parte 3 de 3:
    Adicionando os grupos funcionais
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    1. Olhe para a abreviação de três letras e escolha o aminoácido correto. Por exemplo, os Dipeptide Tyr-lys serão usados ​​como exemplo. Os aminoácidos corretos são desenhados abaixo.


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    2. Substituir "R" Com os grupos funcionais de aminoácidos. Na C1, o grupo funcional de Tyr será desenhado para substituir "R". No C3, o grupo funcional de lys será desenhado para substituir "R".
  • 3. Sabe como o pH altera fins e grupos funcionais. Com base no pH um dipéptido é, e o relativo pkuma Valores, isso determina se a extremidade da amina, a extremidade carbonila e os grupos funcionais específicos são protuberantes (adicionados por H) ou desprotonados (h tirados).

    • Se o ph< pkuma, Então é protonado. Se o ph>pkuma, Então é desprotonado. Uma tabela do aminoácido pkuma valores são mostrados, mas o foco estará no pkuma das cadeias laterais indicadas em vermelho.

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      1. Alter termina com base em pH específico. O pH Neste exemplo será pH 7. Para a extremidade da amina, o PKuma será sempre 9. Desde Phuma, A extremidade da amina é protonada e permanecerá NH3 + (se desprotonado, será NH2). Para o final carbonilo, o PKuma será sempre 3. Desde Ph>pkuma, A extremidade carbonilo é desprotonada e permanecerá O- (se protelado será OH).
    2. 2. Alterar grupos funcionais com base em pH específico. Apenas cadeias laterais ácidas e básicas serão alteradas, bem como os aminoácidos polares cisteína e tirosina. Consulte a tabela na Parte 3, Etapa 3.

    Pka de tyr = 10.07, o phuma por isso, será proibido e permanecerá oh (se desprotonado será O-).Pka de lys = 10.79, o pHuma, É protegido por isso será NH3 + (se desprotonado será NH2).

    Finalmente, você completou um desenho de um dipéptido em um pH específico.

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